少数扁平疣患者可以自愈。该病是病毒性疾病，医学上很大一部分病毒性疾病都有自愈性。比如感冒是病毒性疾病，7-8天左右可以自然好，扁平疣也确实存在这种情况。
当抵抗力很强，病毒数量不多或毒力不强时，就有自愈可能。但相反也可能复发，通过一定手段治疗治愈后，当患者抵抗力下降，病毒数量比较多，毒力比较强时，则有复发可能，所以复发和自愈是由多种因素决定。临床确实有很多病人没有经过治疗，自己就痊愈，就是因为自身抵抗力增强了。
按照中医观点，正气存内，邪不可干，但扁平疣是一种病毒感染，所以自愈这种情况是少数。如果处于进展期时，一不注意可能越发越多，越发越大，开始可能只有1-2颗，后来发展到全脸，后来发展到手背、上臂，甚至全身都有可能。
