慢性肠炎的病因比较复杂，临床上大致分为两大类：
1、感染性因素引起的慢性肠炎：这种感染也分很多种，一种是感染结核杆菌，临床上叫做肠结核，针对肠结核的治疗就可以恢复。另外一种就是感染细菌，比如痢疾杆菌引起，要针对抗感染治疗就可以好转。另外，中国有些地区流行血吸虫病，也可以引起肠炎，针对驱虫治疗也可以恢复，当然临床上感染还有病毒等，这一大类都划分为感染性腹泻；
2、非感染性腹泻：如肠功能紊乱，因为情绪不稳定或者腹部受凉，可以引起慢性腹泻，多半做肠镜肠道正常，这样对症处理、调节心情也可以很快恢复。另外，还有缺血性肠炎，因为肠道缺血引起慢性腹泻，这种情况腹泻多伴有血便，通过改善供血也可以恢复。还有炎症性肠病，包括克罗恩病和溃疡性结肠炎，这两种情况是因为免疫因素引起，通过调节免疫治疗，也可以恢复。所以，慢性腹泻不一定都是病，只要把病因搞清楚，有针对性治疗，可以很快恢复。
