川崎病到目前为止，预后比较好，多数都能够完全治愈，疾病在于早期诊断、早期治疗。因为如果不进行早期诊断，很容易合并冠状动脉病变。
如果出现冠状动脉瘤，甚至血栓到了后期出现狭窄，情况比较严重，到后期可能出现严重的巨大冠状动脉瘤，甚至合并血栓，这部分孩子预后比较棘手，除了要长期口服阿司匹林、华法令，甚至有些需要心脏外科的介入治疗。
但是其它部分的孩子如果冠状动脉没有出现早期的扩张，或者后期没有再出现冠状动脉病变，孩子预后都非常好，没有需要限制活动，需要长期服药，一般吃药2个月左右基本上能够进行停药。
其他中等大小的冠状动脉瘤孩子，多数预后也是好的。不过这部分冠状动脉瘤的孩子，一般都会建议随诊，一般随诊到冠状动脉病变完全消失为止。
出现巨大冠状动脉瘤的孩子，要长期甚至终身随诊，这部分孩子相对比较棘手，所以大部分川崎病的孩子都是能够治愈。
