复杂性肛瘘可以治愈，复杂性肛瘘有一定的治愈率，在全国治愈率为70%-80%，但不是绝对的。因为肛瘘的复杂性，接诊医生的专业水平、术中探查情况，以及瘘管的分布情况等因素的存在，术后存在一定的复发率。复杂性肛瘘、高位性肛瘘有复发的可能性。肛瘘复发最直接的原因还是手术的问题。手术中正确找到肛瘘的感染灶，即原发灶，彻底处理就能达到根治。其次，手术后恢复期换药，患者每天要按医生的建议坚持换药。手术假性愈合，即肛瘘没有按预想的方向恢复，伤口一部分长快了，一部分长慢了，长快的地方就把长慢的地方掩盖住，称为假性愈合。假性愈合下面没有完全长好，有可能会再次发作。
