复杂性肛瘘可能有几个支管，两个以上的外口或者内口。在诊断方面最常见的方法，简单的可以做瘘管造影，通过打造影剂拍X光片，看到分支分布的情况，可以确定肛瘘的部位。有条件的三级医院，用的更多的是磁共振。磁共振对肛门周围的软组织的影像判断、走向的层次，看得更加准确，但费用比CT检查费相对高。如果医院没有磁共振，甚至连CT都没有，简单的打造影剂做造影，有时候瘘管不是全部顺畅的，有些瘘管堵住，打了造影剂也不能100%的显示真实的情况。需要专科医生用手指检查，专科医生的手指号称金手指，可以大概确定肛瘘的走向。此外，专科医生常用探针，可以从肛门外口进去，探查肛瘘瘘管走向、位置、高低，都非常明确。
