目前能够明确的肛周脓肿发病原因有两种，具体如下：
1、肛门腺感染：一种发病原因是内外括约肌之间的肛门腺感染，这种腺体叫做肛门腺或者是肛隐窝腺。这个腺体位于肛管位置的内外括约肌之间，开口于肛门里，也就是肛门里有个叫肛隐窝的位置。这个位置的逆行感染，引起了肛隐窝腺的感染，就形成了在内外括约肌之间的感染灶。这个感染灶继续进展，向周围进展以后，就会形成肛周脓肿；
2、中央腔隙感染学说：中央腔隙是在肛门外括约肌的皮下部，与联合纵肌之间，这个腔隙是个环肛管一圈。这个位置感染以后，会延伸到肛周的各个间隙。
因此，目前对肛周脓肿形成的病因，主要就是两种原因，因为这两种原因，所以在肛周脓肿的治疗上，现在还存在着争议。
主要的一个争议就是肛周脓肿治疗的时候，是否需要进行一级的切开引流。也就是在肛周脓肿治疗的时候，是否要将其按照肛瘘进行手术治疗，这个争议主要就是因为有中央腔隙感染学说的存在。
