睾丸囊肿是良性病变，发病原因主要在于睾丸曲细精管出现局部微小的狭窄性病变，导致精液潴留，形成早期小囊肿。随着时间延长，病程迁延不愈，囊肿会逐渐增大。因此睾丸和附睾部位的囊肿，对于人体正常的性功能、生育功能，没有太大影响。
绝大多数睾丸囊肿、附睾囊肿无需进行治疗，仅有极个别情况可以考虑进行手术治疗，比如体积太大，睾丸、附睾的囊肿体积已经达到5-6cm。超过5cm体积的囊肿，建议进行手术，因为会影响日常活动。
另外，某些小体积囊肿，如果出现囊内感染，患者会出现强烈的触碰疼痛的临床表现和体征。对这种感染可以考虑口服药物治疗，尤其是喹诺酮类的抗生素药物。在控制急性感染的后期，可以考虑手术切除睾丸或附睾囊肿。
