肾囊肿首先要明确诊断，是否是单纯性囊肿，如果单纯性囊肿诊断明确，在治疗的选择上，首先是＜4cm的肾囊肿一般对人体没有什么影响。这一类囊肿往往是进行密切观察、随访，如果增加的比较迅速再考虑进一步治疗。
对4cm以上的囊肿，可以选择穿刺抽取囊液的治疗，然后囊腔内注射硬化剂。但这一类治疗方案往往是复发率比较高，目前已经不再作为治疗的选择，仅适用于极少数高危患者。
而对于巨大的肾囊肿，也就是直径超过了8cm，囊液积聚超过了500mL，这一类肾囊肿建议手术治疗。手术治疗首选的手术方式是腹腔镜肾囊肿手术，腹腔镜肾囊肿手术代替传统的开刀手术，由于其创伤小、术后恢复快，成为目前肾囊肿治疗的主要选择。
此外由于穿刺目前不再作为主流选择，对于4cm以上有症状的患者，也建议行腹腔镜肾囊肿去顶减压手术。
