脑脊液的细胞数是一个重要的指标，通常正常的脑脊液腰穿结果，可以看到的细胞数在5x10^6个/升这个范围以内，也就是正常状态下，脑脊液有细胞，但是如果细胞出现异常，才能代表疾病的状态。比如说细胞数的升高，通常看到的病毒性脑膜炎，细胞数升高程度比较轻，常常在100x10^6个/升以内，如果细菌性感染，可以很高，大于1000甚至上万的细胞数，结核性的和霉菌性的常常介于两者之间。
对于细胞类型要重视，比如说通常的分法是单个核细胞，也就是常说的淋巴细胞，还有多个核的细胞，比如说感染相关的细胞，还可以有异型的细胞，可以去区分。比如说病毒性感染，早期可以出现中性粒细胞的增高，但是后面更多的是单个核的淋巴细胞的增多。细菌性的常常是中性粒细胞的增高，而且曾经持续性地增高。对结核来讲，可以有淋巴细胞、浆细胞等细胞类型的存在。
同时要注意病原体的检测，比如说结核有时候可以染出来结核抗体染色出现阳性。霉菌可以出现墨汁染色的阳性，肿瘤可以出现肿瘤细胞，也就是异型的细胞类型。有时候出血性疾病可以检出大量的红细胞，也可以帮助诊断，例如蛛网膜下腔出血。
