肛周脓肿一旦发病，越早手术越好。肛周脓肿的治疗原则即为未化脓时以保守治疗为主，但一般的病人发现有明显的肛周肿痛时均存在化脓，早期时可能一般都没有重视。如果表浅脓肿会摸到明显波动感，但是脓肿位置比较深，即使很严重，表面也没有波动感。这时候有经验的医生做肛门指检可以发现，也可以进行辅助检查，比如直肠腔内B超、肛周B超、盆腔的CT检查可以发现脓腔。
若已经化脓则越早手术越好。如果盲目使用抗生素治疗，选用的抗生素对感染的细菌有效，可暂时控制急性炎症，但无法完全根治，而且以后还会在机体抵抗力差的时候，可能还会再急性发作；如果是抗生素未生效，则完全就是耽误病情，脓肿会急剧的增大，侵犯肛周的肌肉组织，对肛门功能的损伤越大。
