肛瘘是由肛周脓肿发展来，早期时会有肛周肿痛。过几天以后，如果脓肿破溃肛周有溃口，有脓血流出，肿痛就会逐渐缓解，慢慢会形成慢性炎性瘘管。溃口有的时候会自行闭合，但是实际上深部组织还没有完全恢复，身体抵抗力差，劳累上火、进食辛辣、饮酒等会导致再次肿痛，破溃流脓，如此反复不愈。也有的是肛周脓肿做小切口引流，逐渐的形成肛瘘。

如果是低位肛瘘，病人有的时候会自己摸到从溃口到肛门中间皮下有硬条索状的东西。也有一些肛瘘是肛周脓肿，没有从皮肤表面破溃，而是从肛门里面破溃，这样发作的时候只有肛门里面有坠胀疼痛，大便表面会带有脓，并且需要专科医生做指诊才能检查出来。