大泡性角膜病变的治疗最根本的是要做角膜内皮移植，恢复角膜内皮的功能，从根本上解决大泡性角膜病变的问题。对于有些视力已经不行、要改善症状的情况，可以做些角膜胶原交联，使角膜硬度增加，使得水分尽量少往上面聚集，改善这个症状。
所谓的大泡性角膜病是由于角膜内皮功能不好，正常情况下，角膜内皮有泵的功能，将角膜中多余的水泵出，使角膜保持一定的水化程度。当内皮细胞功能不好，就不能将水抽出，角膜里的水就聚集在上皮下，出现大泡性角膜病变。
最根本的是要改善内皮的功能，角膜内皮细胞不能再生，生下来就这么多内皮细胞，随着一生中死一个少一个。由于各种原因造成内皮细胞的功能失代偿，不能起作用，这时内皮细胞就没有功能。只有进行内皮细胞的移植，移植正常内皮细胞，这样能恢复角膜内皮的功能，治疗大泡性角膜病变。
