一般胃肠道间质瘤是相对恶性程度较低的一个肿瘤，因此胃肠道间质瘤复发转移以后，如果不是全身广泛转移，一般还可以手术，和复发转移的部位有一定关系。胃肠道间质瘤通常不通过淋巴结转移，因此较少通过淋巴结转移到全身。而一般都在消化道、手术局部或者附近复发，大部分可以通过二次手术进行切除。

除了手术以外，胃肠道间质瘤还可以通过靶向药物进行治疗，靶向药物在很大程度上能够预防和降低胃肠道平滑肌瘤的发生，或者胃肠道平滑肌瘤的复发。