治疗反流性食管炎，首选的药物通常包括两种。一种是抑酸药，最强大的是质子泵阻滞剂，比如常吃的奥美拉唑、雷贝拉唑，起到抑制胃酸分泌的作用，抑制胃里不产酸，反流的液体没有酸性腐蚀食管。另外一个常用的药物是促进消化道动力的药物，比如莫沙必利，这些药物吃完之后，会促进胃排空和食管下端的排空，从而减轻酸性液体和食管下端黏膜接触的时间。
生理性反流和一般的轻度反流性食管炎患者，通过药物治疗，都会得到明显的改善缓解。正规的疗程一般是1-2个月，也就是4-8周。如果患者确实规律、正规服药2个月以后，症状没有缓解，或者症状缓解复发。这种情况下，建议患者去做胃镜，评估胃食管有没有其它问题，比如部分患者有食管裂孔疝，造成反流的原因是食管裂孔疝，单纯吃药达不到根治性的效果。
