住院具体天数需要根据自身伤口复杂程度、患者具体情况决定，通常低位肛瘘需要住院7-10天。但如果肛瘘位置较复杂可能需要相应延长住院时间，所延长时间应根据患者具体情况住3-4周，甚至需要分期手术，第二次住院时间需要更长时间。肛瘘分为低位和高位，低位肛瘘对于肛门括约功能伤害较小，术后恢复较快，如果患者体质好，住院7-10天可以出院。

高位复杂肛瘘由于需要切开或切开结合挂线，可能对肛门括约功能存在一定影响，住院时间长，需要半个月或20天进行观察，处理局部创口。尤其挂线时，例如橡皮筋需要观察脱落时间，以及所挂橡皮筋的松紧程度，如果所挂橡皮筋变松没有切割力则需要进行紧线治疗。因此高位复杂肛瘘住院时间较长，有利于病情恢复，患者出院以后需要定期根据医生要求，3天或1周到医院进行复查，复查目的是观察创面愈合过程中有无桥形愈合、有无肉芽组织过度增生、创面引流是否通畅。只有医生观察创面以后才能判断愈合是否顺利，防止以后需要进行二次手术或创面愈合时间过久，甚至不能愈合情况出现。