大部分情况下，患者做尿道镜检查，采取局部麻醉方式，仍会比较疼痛。若患者不能耐受疼痛，会麻醉尿道，让患者睡着或放松时做，一般感觉不到疼痛。

尿道镜分为普通的金属镜和软镜，舒适程度或疼痛程度会不一样。常规医疗机构配备的金属尿道镜，比较硬，且比较粗，一般会将局麻药涂抹在镜子上，从尿道里进去，患者疼痛比较明显。软镜，相对疼痛程度会减轻，但患者亦会有不适症状。男性因为尿道长，疼痛会更为明显，而女性尿道较短，疼痛感相对较轻。