肾囊肿手术目前的治疗方法是以腹腔镜治疗为主。主要操作程序是在患侧腰部打孔，建立手术通道，在腹膜后进行游离以后找到肾脏，并完全游离出囊肿，将囊肿刺破，并切除一部分囊肿壁，此为安全、有效、微创的手术，是目前肾囊肿治疗的主流术式。
肾囊肿的具体治疗需要根据囊肿的体积来进行选择，一般如果肾囊肿＜4cm，这种情况下对人体的影响微乎其微，因此对于4cm以下的囊肿，主要是做好严密的随访观察。
对于4cm以上的囊肿，通常推荐B超引导下肾囊肿穿刺引流。同时局部注射硬化剂，而手术的绝对适应证是直径8cm或者囊液超过500ml。
由于肾囊肿穿刺引流通常复发率比较高，而且目前腹腔镜手术安全、有效、微创，所以对于4cm以上的肾囊肿，目前的治疗也是以腹腔镜手术为主。
