小苏打可以辅助治疗部分妇科疾病，如霉菌性阴道炎，但并不是特异性治疗药，只能起到辅助治疗。目前对于霉菌性阴道炎，有特异性药物治疗，如外用克霉唑阴道片或者外用克霉唑阴道片，结合口服抗真菌药治疗，如氟康唑、斯皮仁诺等，通过药物治疗后，一般可以治愈，现阶段不再用小苏打治疗妇科疾病。
此外，小苏打治疗妇科病可明显改变阴道pH值、阴道微环境，使用过程中有效但停药后，微环境无法马上恢复，导致阴道炎反复出现，甚至加重。所以目前在临床上，很少使用小苏打治疗妇科疾病，大部分要针对特异性病原体，给予特异性治疗。对于霉菌性阴道炎，要给予克霉唑阴道片、达克宁栓、制霉菌素栓等外用抗真菌药，如果病情严重或者反复发作，需要加用口服抗真菌药治疗。
