气管镜和CT是呼吸系统疾病常见的两种检查方式，分别有不同侧重点，所以没有办法进行比较。胸部CT是呼吸系统疾病常用的影像学检查，优点是没有痛苦、创伤，检查时间很快，几秒钟就能扫描结束，而且呈现的影像非常清晰。肺部病变首选胸部CT检查，例如肺炎、肺结节、肺占位、间质性肺病、支气管扩张等。

气管镜是有创的检查，操作方式类似于胃镜，有一个光纤管路，后面有成像系统，通过鼻腔进入咽喉部到声门以下的气管。通常检查肺段以上的支气管，因为仪器本身有一定的粗度，特别是外周的小支气管无法到达。气管镜检查的目的，主要是检查气道病变，例如气道内的新生物，还有气道内膜结核，以及做病原学检测。

肺部感染很重又是耐药菌，也可以做气管镜，可以吸痰、促进痰液排出，也可以做细菌学检测，来明确感染病原体。还有性质不明的胸腔积液，也可以做气管镜检查。如果是中心型肺癌患者，通常气管镜可以取病理，能达到确诊的依据，所以两种检查方向、目标、侧重点都不同，无法进行比较。