阴茎根部皮肤瘙痒且出现小结节，与诸多因素有关，常见原因如下：

1、阴虱：患者发生阴虱感染时，由于阴虱在阴茎根部繁殖导致局部皮肤出现结节，结节表面甚至可出现虱卵现象；

2、疥疮结节：当患者出现疥虫感染时，可能导致阴茎根部皮肤出现疥疮结节，表现为局部奇痒难忍并伴随手指缝与大腿内侧局部瘙痒症状；

3、真菌感染：如果患者发生白色念珠菌感染时，也会导致患者阴茎根部皮肤出现红疹、红斑和局部小疙瘩，且表面出现脱皮、脱屑、反复瘙痒等症状。

患者出现上述症状时应及时到泌尿外科或男科就医，通过局部检查以明确有无真菌感染、阴虱感染，若皮肤出现小疙瘩和发紫现象，应通过局部检查排除疥疮结节感染可能。