女性儿童出现尿路感染，首选头孢菌素类药物。可以采用头孢二代的头孢呋辛，也可以选用头孢三代抗生素，有口服头孢地尼，还有静脉输液的头孢曲松、头孢哌酮等。
女性儿童尿路感染有一类药不能用，就是成人经常用到的喹诺酮类抗生素，主要指沙星类药物，如诺氟沙星、左氧氟沙星、莫西沙星等。这类药物如果用在儿童，可能会造成儿童的骨骺过早闭合，影响儿童的生长发育，使其骨头不再长。身高不再长，对其影响比较大。
尽量选择对女性儿童安全的药物，可以选择头孢菌素药物。此外还可以配合清热、利湿、解毒的中药和中成药进行辅助治疗，常用药包括热淋清、癃清片、银花泌炎灵、泌淋清等，可以起到很好的辅助治疗作用。
