胃肠道间质瘤的生长速度相对较慢。胃肠道间质瘤较小时，生长速率较慢，但肿瘤逐渐较大后，生长速度便有可能会增快。胃肠道间质瘤可以按危险程度划分，危险程度又通过肿瘤大小判断，如直径是＜2cm或2-5cm，亦或是5-10cm甚至更大。还通过肿瘤核分裂象判断，在显微镜下面观察细胞核的核分裂象，核分裂象越多，恶性程度便越高。此外，还和生长部位有关。
如果患者肿瘤的大小越小，危险程度便越低，而肿瘤越大，则危险程度便越高。危险程度也意味着肿瘤对患者的危害，如胃肠道间质瘤越大，恶性程度或危险程度便越高，生长速度便有可能会越快。因此发现胃肠道间质瘤后，建议患者尽早处理掉。
