肠道间质瘤的症状通常包括胃肠道痉挛、疼痛。肠道稍细，所以肠道的间质瘤若长大，通常可能会造成梗阻或不完全梗阻的表现，即食物难以通过这一段肠道。且肠道间质瘤长大后，容易出现黏膜的破裂出血，这种破裂出血来自于肿瘤的破裂出血。若出血量大、速度快可能便血，若出血量少、速度慢，可能无法感觉或看到便血。但若长期失血，可能会导致贫血的表现。
而胃由于胃腔较大，即便肿瘤较大，可能会影响消化功能，但是可能很少引起胃的梗阻性表现。在胃部的间质瘤，可能会引起消化不良，通常进食后出现上腹饱胀感及不适感，为胃间质瘤的表现。所以来自于胃和来自于肠道的间质瘤，大小上对人体造成的症状表现不同。
