肾结石手术肯定有风险，任何手术，无论手术大小都会存在一定手术风险，即手术并发症，不同的手术方式手术风险不同，具体如下：

1、输尿管结石：做输尿管镜手术时相对手术风险小，但也存在一定手术并发症的可能，如引起输尿管黏膜的损伤、划伤、挫伤，甚至输尿管穿孔，严重的可能会出现输尿管撕脱等，输尿管结石的输尿管镜手术可能还会引起逆行性感染或严重的全身性感染；

2、肾结石：如果进行经皮肾镜手术，除了会出现严重感染，还可能对肾脏带来一定损伤，甚至引起严重的肾出血，若出血严重，需要切除一侧肾脏。