肛瘘表现为肛门旁出现瘘口，肛门内出现内口，且内外瘘口相通，皮下或者深层组织中存在瘘管，大便或者肠道内容物等稀薄内容物会通过内口从外口流出。肛瘘的临床表现是肛门旁的外口出现反复破溃、流脓、流血，患者出现轻微不适感。有时肛瘘会出现静息期，即患者没有明显不适感。有时肛瘘会出现急性炎症改变，即肛门内出现炎症反应，形成脓肿，患者会出现坠胀感、疼痛感等。脓肿达到一定程度后外口会破溃，脓液从外口流出，患者的不适症状会明显缓解，大部分脓液流出后瘘口可能会封闭。此外部分患者的瘘口会每天流脓，即每天都会有少量分泌物从瘘口流出。
肛瘘是肛门旁的与肛门密切相关的慢性炎症性疾病，多数患者肛瘘前都会出现肛门脓肿，肛门脓肿是与肛门相关的急性炎症，即肛门旁出现红、肿、痛，形成脓肿，破溃后脓液流出，肛门脓肿会变为慢性炎症性疾病，即演变为肛瘘。总之肛瘘即肛门旁出现瘘口，会出现反复流脓、流血等。还有少见肛瘘，即肛门旁没有外口，仅肛门内有口，肛门内口会反复流脓，患者没有发现流脓，但是经常感觉肛门不舒服，也是肛瘘的表现。
