中药治疗扁平疣效果很好，扁平疣分风热毒结和痰瘀互结两型。风热毒结皮疹较多，颜色淡红或皮肤颜色自觉瘙痒有同形反应，即急性扁平疣，治疗上可用马齿苋合剂加木贼草、夏枯草、牡蛎等口服、外敷，毒瘀互结型扁平疣皮疹多硬、颜色暗淡、不痛不痒。
治疗上用桃红四物汤活血化瘀、软坚散结，气血亏虚的可加用生黄芪、三棱、莪术、浙贝等，中药还可外洗，用木贼、生薏仁、板蓝根、马齿苋、香附煮水500ml，水煎后去渣外敷，每天敷1次每次敷10分钟。
扁平疣是一种病毒感染的皮肤病，一定要去正规的医院治疗，平时可口服生薏仁、芡实、红小豆煮水。
