少数儿童内分泌失调会导致肥胖，包括库欣综合征，会出现特征性肥胖，即满月脸、水牛背，特征为中心性肥胖，肩背较厚，肚子大，脸上肉很多，但四肢细瘦。如果为内分泌疾病性肥胖，患儿还会有其它表现，如骨质疏松、皮肤较薄，皮肤有痤疮、红血丝，通过特定检查可以确定有没有肾上腺肿瘤，做肾上腺激素检查可明确患儿有无皮质激素过多。
甲状腺功能减退也会引起肥胖，患儿表现为精神状态差，少吃少动，甲状腺功能异常，原因可能是自身免疫性甲状腺炎，也可能是甲状腺功能先天性缺陷，患儿除了肥胖还会有其它症状，如皮肤干燥、矮胖、发育落后。如果患儿从出生就开始有甲状腺功能减退，还会伴有智力落后。内分泌失调导致的肥胖只占少数，多数肥胖与患儿生活方式及其它综合因素相关。
