阿莫西林是广谱抗生素，可以治疗咳嗽，但咳嗽可能由不同致病菌导致。如果是革兰氏阳性球菌、革兰氏阴性杆菌导致的呼吸道感染，产生咳嗽，包括化脓性扁桃体炎或者咳嗽有脓痰，无论是白色脓痰、黄色脓痰，还是绿色脓痰，可能有化脓菌感染，首选阿莫西林结合止咳化痰的中成药或者口服药，能够获得较好疗效。刺激性干咳或者少量黏痰，可能由结核杆菌感染导致，如大环内酯类敏感病原菌，包括衣原体、支原体、卡他莫拉菌、流感嗜血杆菌、军团菌等，要用抗结核药，首选大环内酯类抗生素，因为阿莫西林对这些病原体没有效果。
如果是老年人，可能既有大环内酯类敏感的病原菌感染，又有头孢、阿莫西林敏感的病原菌，可以选择左氧氟沙星、莫西沙星，抗菌谱较广。在分不清病因时不要随意使用阿莫西林，如果真要服用阿莫西林时，要请医生帮助患者判断咳嗽是否是阿莫西林敏感的病原菌，不应因为有咳嗽，就盲目自行口服阿莫西林。
