阴囊两侧瘙痒，原因可能是多方面的，具体如下：

1、生理方面：由于阴囊是男性的会阴部位，本身不透气，经常穿内裤造成会阴局部比较潮湿，刺激到阴囊两侧的皮肤，产生瘙痒的感觉，是正常生理现象；

2、皮肤病：阴囊两侧的皮肤出现皮肤病，比如皮炎、湿疹等等也会产生瘙痒；

3、病菌感染：最常见的感染是真菌和细菌感染，引起瘙痒多数是由真菌所引起来的，出现真菌感染，真菌性的皮肤炎，有时候会出现一种像骨癣、皮癣这一类的皮肤病。

所以一旦发现皮肤上有病变，应该及时到医院进行治疗。