沙眼衣原体阴性是正常表现，但是沙眼衣原体通常需要多次检测阴性才能确认正常，有时一次检测阴性可能会出现误差或偶然性。沙眼衣原体感染眼部会引起沙眼，同时也容易引起泌尿生殖系统感染，如男性的尿道炎、前列腺炎、附睾炎，女性的盆腔炎、阴道炎及附件炎等，因此沙眼衣原体如果是阳性，通常应该积极治疗。
沙眼衣原体是一种病原微生物，介于细菌和病毒之间，除出现上述不适症状外，还容易导致生育能力下降，如精子质量下降，少精症、弱精症、死精症，女性出现不孕症、胎停育、流产、死胎等风险增加。需要积极使用药物进行治疗，如大环内酯类药物中的阿奇霉素、罗红霉素、地红霉素，四环素类药物中的米诺环素、多西环素，还有其它常用的广谱抗生素对沙眼衣原体也有治疗作用，如磷霉素、三代头孢菌素，喹诺酮类药物中的左氧氟沙星、莫西沙星、西他沙星等。
