早期肾结核主张药物治疗，目前对于早期肾结核的定义是尿液中有抗酸杆菌，但是肾盂肾盏并没有明显变化或者仅1-2个肾盏有破坏性变化。对于早期肾结核的治疗，药物治疗包括利福平、雷米封、吡嗪酰胺和链霉素等杀菌药物，都是一线治疗用药，此外还包括乙胺丁醇等二线用药，用药的要求是足剂量、足疗程，目前治疗失败的病例大多数都是因为治疗的不够彻底。
在治疗期间，需要注意到药物的肝毒性，要予以保肝的药物，如果是应用链霉素，链霉素的副作用也会出现听力损害，如果出现听力下降，建议及时停药，转换其他药物。药物通常是3种或者3种以上的联合应用，每个月进行尿中找抗酸杆菌的检测，如果连续半年没有发现抗酸杆菌，通常认为是稳定的阴转，如果连续5年以上则考虑是临床治愈。
