泌尿系统感染又分为上尿路感染、下尿路感染，根据具体情况选择首选的抗菌药。
1、上尿路感染：主要是肾脏和输尿管的感染，特别是一些比如结石引起的肾积水感染，有的时候感染非常严重。上尿路感染首选抗菌素是三代的头孢菌素，进行抗炎治疗。如果是能够有尿培养的结果、有药敏的结果，当然是最好。但是因为泌尿系统的感染以大肠杆菌为主，因此严重的泌尿系感染是针对革兰氏阴性菌进行的，可以用头孢三代的抗菌素。还有比如用一些碳青霉素，霉素系的这些抗菌素，抗菌的效果比较好，专门是针对上尿路的感染来进行的；
2、下尿路感染：对于下尿路的感染，一般口服一些抗菌素即可，因为相对来说严重程度不是很严重。首选主要是喹诺酮类的一些药物，比如左氧氟沙星这类的药物，在治疗下尿路的感染中，效果、疗效非常好。
