甲状腺疾病需要根据患者的病情来决定挂什么科室进行诊断。以弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进症为例，如果是用内科方法治疗，就挂普通内科或者内分泌科，普通内科多见于一、二级医院，内分泌科多见于三级医院。
如果是需要用手术的方法治疗，挂普通外科、颈部外科、甲状腺科均可以。如果要采用核素碘-131治疗，就需要挂核医学科进行治疗。核医学科只有在三级甲等医院才具备。而甲状腺的一些癌症以及肿瘤结节需要做外科手术，就可以挂外科，需要用药物治疗的就可以挂内科。
甲状腺的疾病一般包括甲状腺结节、甲状腺肿瘤、甲状腺癌以及甲状腺激素水平分泌异常，如甲状腺激素分泌过多导致的高代谢症候群，常见的有弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进症以及甲状腺激素减少导致的甲状腺功能减退症。还有一些甲状腺的炎症性疾病，如急性甲状腺炎、亚急性甲状腺炎、桥本甲状腺炎。
