人体碘缺乏会造成各种紊乱，引起地方性甲状腺肿、地方性克汀病，统称为碘缺乏病，主要病因包括以下几种：

1、环境缺碘：为最主要原因，世界上任何碘缺乏病流行地区外环境都缺碘，土壤、水源、粮食、谷物碘缺乏；

2、碘摄入不足：人体摄入不足，也可引起碘缺乏病；

3、其他因素：比如木薯中有较多含硫有机物，可造成碘缺乏病发生增加；黄酮类物质摄入过多，也可造成明显加重，比如高粱、小米、大豆通常含黄酮类物质较多，摄入过多造成甲状腺肿。甲巯咪唑或造成甲状腺肿的各种药物，可引起碘缺乏病加重。某些微量元素，如在缺碘地区高钙摄入过多，可加重疾病发生，缺硒也可使病情加重。碘是甲状腺激素合成的原料，蛋白质也是甲状腺激素合成的重要物质，如果营养不良，也可造成碘缺乏病的发生。遗传因素也是造成碘缺乏病发生的重要因素之一。