结肠镜确实是一个不太舒服的检查，有一定痛苦性，但疼痛程度以及耐受程度因人而异。部分病人觉得一点都不疼，没有任何不适，有些病人觉得非常疼，以至于不能耐受整个结肠镜检查，大夫进镜一半时，病人就要求终止结肠镜检查。结肠镜痛苦程度与以下因素有关：
1、与病人肠道走行相关：如果是一个标准的结肠走行，没有明显的死弯，或没有做过腹部手术，没有肠粘连，肠子活动度相对好，做起来也不是非常的疼，大夫也不是非常的费劲。但如果做过腹部手术，有过肠粘连，或长期便秘，有乙状结肠冗长，或者长期便秘引起了肠道松解，肠子没有明显张力，这些都会使结肠镜检查变的困难，从而增加患者疼痛感觉；
2、与医生手法相关：如果很熟练的内镜操作者，在进镜过程中注气会相对少，病人痛苦也会相对少，在结肠拐弯时，手法操作比较轻柔、比较熟练，病人痛苦也会减少；
3、与患者本身耐受性相关：对于疼痛耐受性非常差，即使有一点点不适也会觉得非常疼，但有人对疼痛耐受性比较强，即使在比较疼的状态也不会觉得那么疼。