骶管囊肿手术难易程度，与囊肿的大小、部位、是否有神经根等因素有关。骶管囊肿手术，虽然不是神经外科手术中难度最高的一类手术，但是需要手术的每一个环节，都特别精心处理的手术。
如果处理不当不仅囊肿容易复发，还容易造成患者神经功能损害，甚至引起下肢、会阴部的感觉障碍乃至运动障碍，个别患者还会影响排便、排尿功能，使患者术前已有的症状进一步加重。除此之外，骶管囊肿手术如果处理不慎，非常容易形成局部积液，甚至形成脑脊液漏，造成伤口的反复感染和愈合不良，严重影响患者手术之后的预后和生活质量。
因此骶管囊肿手术建议，应该由经验丰富的神经外科医生，进行标准化操作，才能够有效避免骶管囊肿手术之后，并发症和后遗症的出现，使患者的神经功能尽可能恢复正常。由于骶管囊肿长期存在，囊肿壁周围的一些神经根已经发生变性，所以对要求手术操作更轻柔，稍有不慎，患者术后的神经功能障碍就可能会加重。
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