食道溃疡的治疗药物可以选择西药，比如有抑制胃酸分泌、黏膜保护的药物，抑制胃酸分泌的药物主要用于反流引起的食道溃疡，如质子泵抑制剂奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑等。如果是食道上端的溃疡，可能由进食粗糙的食物刺激引起，或者是异物刺激引起的溃疡，治疗时需要选择黏膜保护剂，像硫糖铝混悬液、铝镁加液体可以覆盖在黏膜上，促进黏膜的修复。
中医中药也有较多药物，像云南白药、致康胶囊等，在服用时可以选择像胶囊类药物去胶囊外壳，用少量的水调成糊状服下，这样效果更加好。治疗时需要注意避免刺激性食物的摄入，像酒精以及辛辣食物、过于烫的食物等，继而能够使得溃疡较快的愈合，并且防止病情进一步进展。
