抗炎治疗可有效缓解病情和控制疾病的发展 。肛瘘不能自愈，必须手术治疗。手术治疗周期约为3~4周及以上。手术治疗的原则是准确寻找和处理好内口、清除全部瘘道、合理处理好肛门括约肌、创口引流通畅。
一、一般治疗
改善饮食以及排便习惯，避免辛辣刺激性食物以及饮酒，注意肛门局部的清洁与消毒，高锰酸钾溶液坐浴。
二、药物治疗
西医疗法：急性期肛瘘的治疗可酌情选用抗生素，如庆大霉素、卡那霉素、青霉素、甲硝唑等。若取脓液作病原菌培养加药敏试验，选用敏感抗生素则疗效会更好。
三、手术治疗
1、挂线疗法：挂线治疗是治疗肛瘘的最常用方法。适用于单纯性高位肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的辅助治疗。挂线疗法是利用橡皮筋的机械作用，使结扎处组织发生血供障碍、逐渐压迫组织，使之坏死。同时，橡皮筋也有一定引流作用，使瘘管内分泌物排出，在橡皮筋对表面组织的慢性切割过程中，基底部创面逐渐愈合。此法最大的优点是利用缓慢的切割过程和在此过程中产生的局部炎症，使被切断的括约肌两断端黏连、固定于周围组织上，不致因括约肌回缩过多造成肛门失禁。挂线疗法用的橡皮筋也可用特制的药线来代替，该药线结扎肛瘘组织后，对结扎组织有逐步腐蚀、使括约肌黏连、防止回缩和促进创面肉芽生长的作用。
2、滑动性黏膜瓣推进关闭内口术：适用于高位肛瘘，尤其适用于产妇及肛门收缩功能减退者。围绕外口做菱形切口，游离外口，再逐步向内口方向切除瘘管。在切除内口时应紧靠瘘管，从而将瘘管完整切除。
3、纤维蛋白黏合剂塞充肛瘘：适用于高位肛瘘，麻醉和体位同前。纤维蛋白黏合剂可从自身的血液中提取而成，也可用医药公司出售的成品。肛管内可置凡士林纱布或肛管引流24～48小时。
4、视频辅助肛瘘治疗术：通过运用肛瘘镜进入瘘管腔内，直视下精确识别瘘管解剖（主管和支管）、内口或慢性脓肿，并电灼瘘管壁。视频辅助肛瘘治疗术分为两阶段，即诊断阶段和治疗阶段。诊断阶段主要是正确定位内口、可能存在的支管或慢性脓肿；治疗阶段主要是在腔内破坏瘘管、清理瘘管并关闭内口。
四、其他治疗
1、经括约肌间瘘管结扎术，肛周弧形切口经内外括约肌间沟进入直至瘘管，切断瘘管并且缝扎。
2、生物材料肛瘘栓、皮瓣肛门成形术等。