肛瘘一旦形成，一般无自愈可能，手术治疗是唯一的治愈性手段。手术的原则是将瘘管切开或切除，使其成为开放的创面，从而达到逐渐愈合的目的。
一、药物治疗
1、抗生素：急性感染发作期或有全身感染者，可在医生指导下使用抗生素治疗。但长期使用易产生耐药性以及副作用，效果不显著。
2、外治：主要通过局部熏洗、换药，促使肿痛消失，炎症吸收，使症状改善。局部红肿疼痛者，熏洗后可外敷抗菌消炎软膏。 
二、手术治疗
1、瘘管切开术：适用于单纯性低位肛瘘，手术时用探针查清瘘管全程，循探针瘘管全部切开，刮去瘘管内肉芽组织，使创面呈V形。创面内填塞油纱布，2~3天后，每天用1：5000的高锰酸钾或热水坐浴，创面清洁。术后2~3天局部使用生肌膏或生长激素制剂换药，有利于加速创面的愈合。
2、挂线疗法：适用于高位单纯性或复杂性肛瘘，此法可避免括约肌一次切开断裂收缩致术后肛门失禁，临床上应用广泛，操作简便。其缺点是术后复发率较高，高位复杂性肛瘘可经多次挂线使其变为单纯性肛瘘。手术方法为麻醉下先用探针从外口插入，顺瘘管经内口穿出，在内口端探针上缚一根橡皮筋，然后将橡皮筋从内口经瘘管在外口引出，切开内外口之间的皮肤，拉紧橡皮筋予以结扎。术后3~5天可再紧线一次，一般在术后1∽2周内橡皮筋脱落，留下敞开创面可以逐渐愈合，如两周后橡皮筋不脱落，此时可用剪刀将橡皮筋缚扎的组织剪断或再次紧线。
3、肛瘘切除术：一般适用于低位单纯性肛瘘。方法为一次性将全部瘘管切除，创面为健康的正常组织，并呈内小外大状态。较浅表的创面可作全层缝合，一周后后拆线，多可一期愈合，较深的创面宜敞开。高位肛瘘作切除术时，宜分出外括约肌深部，需切断者应注意将其缝合重建。
三、营养治疗
营养治疗是治疗肛瘘的辅助方法，宜食富含纤维素的食物，忌食辛辣、油炸食品，保持排便通畅。肛瘘食疗方，大米、小米各100g，洗净，放入锅内添入适量水煮开，待粥煮至半熟，加入豆浆500g搅匀煮熟，便可食用。适用于虚损患者，老幼皆宜。
四、中医治疗
1、内治法：适用于无法进行手术的患者或者可作为术前、术后的辅助治疗，清热利湿法用于湿热下注证；托里透毒法用于正虚邪恋证；养阴清热法用于阴液亏损证。现代肛瘘术后前期应用以上治法，后期应用益气健脾等治法。
2、外治法：包括插药脱管疗法、挂线疗法、熏洗法、外敷法、枯痔法、结扎法等，目前临床上常见的有外治八法：扩创引流、去腐剔异、除疤拔管、拔毒生肌、敛疮收口、拔罐缩腔、补漏生肌、贴敷箍毒。
五、其他治疗
1、运动治疗：久坐时应每隔30~60分钟活动身体一次，建议每周保持150分钟中等强度运动。
2、堵塞法：适用于单纯性肛瘘患者发作期，用0.5%甲硝唑、生理盐水冲洗瘘管后，用生物蛋白胶自外口注入。此法虽然可以做到无创无痛，但治愈率低。