宫颈液基细胞学检查显示有炎症，大多数考虑是由于阴道炎或者宫颈炎所引起的一种炎症表现。患者可以根据阴道分泌物检测病原菌的种类，以及宫颈分泌物进行病原体检测，来选择不同的抗生素进行药物治疗。对于阴道炎的治疗，最常见的是霉菌性阴道炎、滴虫性阴道炎，以及细菌性阴道病。这三种阴道炎症均为白带增多、有异味，以及外阴瘙痒、性交疼痛等外因刺激症状。
根据白带性质显微镜下所发现的病原菌种类不同，采用不同的治疗方法。霉菌性阴道炎采用抗真菌药物治疗，滴虫性阴道炎采用单次大剂量口服甲硝唑，而细菌性阴道病一般选择局部或者全身使用甲硝唑、替硝唑进行治疗，以一周疗法为好。对于宫颈的炎症，大多数和病性传播性疾病有关，一般是淋球菌感染或者衣原体感染等。对于病原体的感染可以通过分泌物检测病原体种类，来选择不同的抗生素。
患者进行药物治疗以后，可以再次复查宫颈液基细胞学，显示为发现未见肿瘤上皮细胞等则为检查结果阴性。对于液基细胞学检查显示有炎症的改变，是一种非常常见的现象。因为大多数女性，尤其是生育年龄的女性，阴道炎症以及宫颈炎是比较常见的妇科疾病。患者在有炎症的时候，最好等到炎症控制以后，再进行宫颈的液基细胞学检查，以免炎症刺激影响检查结果。
