射精功能障碍的治疗包括心理治疗、药物治疗、手术治疗以及行为方法指导等多种方式，治疗周期一般在7~30天左右。
一、药物治疗
1、早泄的药物治疗：为降低阴茎头的敏感性，在性行为开始前10分钟，用1%地卡因或2%利多卡因类表面麻醉剂涂于阴茎头处。为提高射精中枢阈值可服用镇静剂鲁米那、非那根。为延长射精时间可利用α肾上腺素能阻滞剂酚苄明来减低交感神经兴奋性。近几年新上市的必利劲也是治疗早泄的效果不错的药物，需要在专业医生的指导下服用。
2、不射精症的药物治疗：为恢复射精功能，可在性行为开始前一小时服用作用于α和β受体的药物麻黄素。
3、逆行射精的药物治疗：治疗逆行射精的药物有抗组织胺及抗胆碱能类制剂(如溴苯吡丙胺、丙咪嗪、去甲丙咪嗪以及麻黄素等)。这些药物只有在膀胱颈结构完整并具有活动功能时才有效果，不适用于糖尿病或自主神经病变患者、先天性宽膀胱颈或膀胱颈切开术患者等。
二、手术治疗
1、对于任何原因所致膀胱颈过宽而发生的逆行射精，对此类患者可行膀胱颈重建术，通过增加膀胱颈阻力，从而使得精液从尿道口顺利排出。
2、对于因射精管梗阻所致的不射精症可用内腔镜切开射精管口。
三、心理治疗
射精功能障碍的心理治疗需要患者夫妻双方的配合与理解，知晓重建射精条件反射的可能性大小，消除病人的焦虑心理，建立信心是射精功能障碍心理治疗的前提。通过讲解性知识、消除患者不良心理影响及错误观念并结合性行为指导，往往能达到良好的治疗效果。
四、其他治疗
1、行为方法指导：早泄患者的治疗还可通过行为方法指导来进行。医师通过指导病人体验性高潮发生前感觉。在未达到不能控制的射精发生之前减少或停止用阴茎抽动，使性感降低，从而降低早泄的发生率。
2、电振动和电刺激疗法：电振动和电刺激疗法适用于不射精患者。约50%功能性患者一次治疗方可治愈。绝大部分患者多次重复治疗可恢复正常。
3、内分泌治疗：内分泌失调或药物所致的射精障碍，可通过适量补充激素或停服影响射精药物来达到治疗不射精症的目的。
4、姑息性治疗：姑息性治疗适用于某些以解决生育问题为治疗目的的患者，可通过膀胱内加入缓冲液(Baker液)来提高膀胱内尿液酸碱度，使尿液对精子的破坏作用降低到最小程度，取出含有精液的尿液标本，经离心处理或直接进行人工授精。