甲亢的治疗原则为控制高代谢综合征，抑制甲状腺激素的合成。目前治疗甲状腺功能亢进症的方法有三种，即抗甲状腺药物、放射性碘及手术治疗。常用的抗甲状腺药物分为两类，包括硫脲类及咪唑类。常见的代表药物分别为丙硫氧嘧啶和甲巯咪唑。
一、药物治疗
抗甲状腺药物治疗是甲亢的基础治疗，但是单纯抗甲状腺药物治疗的治愈率仅有50%左右，复发率高达50%~60%。抗甲状腺药物也用于手术和131I治疗前的准备阶段。
1、硫脲嘧啶类药物：1、这是我国和世界不少国家目前治疗甲亢主要采取的方法。本治疗方法的特点为口服用药，容易被患者接受；治疗后不会引起不可逆的损伤；但用药疗程长，需要定期随查；复发率较高。即便是合理规则用药，治后仍有20%以上的复发率。
2、临床选用顺序常为甲硫咪唑、丙基硫氧嘧啶、卡比吗唑和甲基硫氧嘧啶。丙基硫氧嘧啶和甲基硫氧嘧啶药效较其他小10倍，使用时应剂量大10倍。
3、在我国，选用丙基硫氧嘧啶和甲硫咪唑都不少，选用前者考虑其可减少循环中的T4转换为T3，孕妇使用更为安全，而选用后者则认为该药副作用更小，对甲状腺激素的合成具有较长时间的抑制作用，有经验显示该药每日给药一次即可，患者的依从性较好。
2、β受体阻断药：1、阻断甲状腺激素对心脏的兴奋作用。
2、阻断外周组织血清总T4向血清总T3的转化，主要在抗甲状腺药物初治期使用，可较快控制甲亢的临床症状。对于有支气管疾病者，可选用β1受体阻断药，如阿替洛尔、美托洛尔等。
二、手术治疗
通常为甲状腺次全切除术，适应症为中、重度原发性甲亢、继发性甲亢、高功能腺瘤；伴压迫征的甲亢；服药及放疗后复发的甲亢。主要并发症是手术损伤导致甲状旁腺功能减退症和喉返神经损伤。
三、中医治疗
传统的中医中药及针灸疗法对一些甲亢也有较好的效果。由于医家对病情认识的辨证不同，各家采用的治法也有差别，疗效也不相同。对用硫脲嘧啶类药治疗有明显血象改变的甲亢患者，也可选用传统中医中药治疗。
四、其他治疗
1、放射性碘治疗：此法安全，方便，治愈率达到85%~90% ，复发率低，在近年来越来越多的国家开始采用此种方法治疗甲亢。治疗后症状消失较慢，约10%的患者发生永久的甲状腺功能减退。这是安全的治疗，全世界采用此种治疗方法的几十年中，对选用的患者尚未发现甲状腺癌和白血病。
2、甲状腺介入栓塞治疗：是20世纪90年代以来治疗Graves病的一种新方法。此种治疗方法适应症是甲状腺较大，对抗甲状腺药疗效欠佳或过敏者；不宜采用手术或放射性碘者；也可用于甲状腺非常肿大时的手术前治疗。而初发的甲亢，甲状腺肿大不明显，有出血倾向及有明显的大血管硬化者应为禁忌之列。