儿童手足口病有以下几个表现，临床分为五个期：
第一、手足口出疹期，表现为发热，手、足、口、臀出现皮疹，伴有咳嗽、食欲不振、流鼻涕，部分病例仅表现皮疹和疱疹性咽峡炎，也有没有皮疹者。此期是普通病例，绝大多数在此期痊愈。
第二、神经系统受累期，表现在1-5天之内出现精神差、嗜睡、易惊、头疼、呕吐、烦躁、肢体无力、颈强直、脑炎、脑膜炎、急性灰质炎的症状，此期是手足口重症病例的重症，大多数病例可以痊愈。
第三、心肺功能衰竭前期，多发生在病程5天之内，表现为心率呼吸增快、出冷汗、皮肤发花、四肢发凉、血压升高、血糖升高、外周血白细胞升高、心脏射血分数可异常，是手足口重症病例的危重型，及时发现、正确治疗是降低病死率的关键。
第四、心肺功能衰竭期，病情继续发展，会出现心肺功能衰竭，可能与脑干脑炎所致神经源性水肿、循环功能衰竭有关，多发生在病程5天内，年龄以0-3岁为主，临床表现心动过速、呼吸急促、口唇发绀、咳粉红色泡沫样痰或血性液体，持续血压降低或休克。病例严重的以脑功能衰竭为主要表现，肺水肿不明显，出现频繁抽搐、严重意识障碍和中枢性呼吸衰竭，此期为手足口重症型的危重型，病死率较高。
第五、恢复期，体温逐渐恢复正常，对血管活性药物的依赖逐渐减少，神经系统受累症状和心肺功能逐渐恢复，少数可留有神经系统的后遗症状。
