男性性功能障碍的治疗应个体化，试图用一个模式治愈所有病例是不可能的，甚至会产生不良反应，使患者失去信心，因为病因各自不同。此外，应当强调性生活是夫妻双方共同的生理过程，有性功能障碍者经常需要夫妻双方接受治疗。
一、药物治疗
1、西地那非：主要用于勃起功能障碍，通过扩张血管来让更多的血液进入并停留在阴茎来发挥作用，使得勃起频率增加以及勃起时间更长。肝功能不全、妇女和儿童禁用，有心血管疾病的患者慎用。
2、伐地那非：适用于用于勃起功能障碍，原理也是扩张血管增加阴茎血流。注意低血压、近期患有脑卒中或心肌梗死、不稳定型心绞痛、家族退行性眼部疾病，如色素性视网膜炎者慎用。
3、他达拉非：适用于勃起功能障碍，原理也是扩张血管增加阴茎血流，注意易发生异常勃起患者，或阴茎解剖异常的患者、有心血管病危险因素或有心血管疾病者慎用。
4、氟西汀：是一种选择性血清再吸收抑制剂型的抗抑郁药，氟西汀口服后从胃肠道吸收良好，进食不影响其生物利用度，吸收后与血浆蛋白大量结合，分布广泛，服药数周后达到稳态血浆浓度，常见不良反应有过敏、消化不良、腹泻，及吞咽困难等。
5、帕罗西汀：用于治疗抑郁症，适合治疗伴有焦虑症的抑郁症患者，口服后可完全吸收，有首关效应，食物和药物均不影响其吸收。广泛分布于机体各组织中，包括中枢神经系统，成人患者停药反应为头晕、感觉障碍及睡眠障碍等。
6、舍曲林：为抗抑郁药，用于治疗抑郁症的相关症状，包括伴随焦虑、有或无躁狂史的抑郁症。疗效满意后，继续服用舍曲林可有效地防止抑郁症的复发和再发。成人每日服药一次，早或晚均可，与食物同服或不同服均可，常见不良反应有口干、多汗、腹泻、恶心，及嗜睡等。
7、前列地尔：一种前列腺素的合成化合物，尿道内应用较为方便，不发生痛性勃起和海绵体纤维化并发症。
二、手术治疗
阴茎假体植入术：适应症为重度勃起功能障碍而其他治疗无效而患者自愿者的最终选择，可并发感染、机械故障及疼痛等并发症。
三、心理治疗
由性心理专家与患者进行深层心理沟通，真正明确患者潜意识中障碍根结所在，并针对性采取相应的心理障碍，增加患者性功能康复的信心。
四、其他治疗
1、挤压技术：当患者觉得性高潮即将来临时，退出伴侣的阴道，或发出信号让伴侣停止刺激，然后患者用拇指和食指轻轻挤压阴茎头部，停止高潮，之后再次开始性生活。
2、真空缩窄装置：借助负压作用使阴茎充血勃起，可应用于某发些ED病例，使阴茎膨大后，在阴茎根部上缩窄环，此时阴茎勃起、坚硬，能完成性交。负压产生的勃起与正常勃起或药物注射的勃起不同，海绵体血流的氧供较少，同时压缩环会影响射精。该方法使患者满意度为68％~83％，较适合于有器质性疾病的老年男性。
3、夫妻双方共同治疗：详细了解性生活不满意的原因，取得患者双方的理解和合作，有针对性地开展性教育，端正性态度。针对不同类型的患者，分别给予性交技术的指导。首先应交流性技术，以达到相互沟通和认同。其次是给予具体的性技术指导，性技术是以治疗、挽救家庭、提高性生活质量为目的，应与黄色文艺以性刺激为目的加以区别，临床上常用的治疗方法是性感集中训练、系统脱敏疗法、放松及催眠疗法等。