肠阿米巴病发病前有一定的潜伏期，数日至数周，大多3周以上。部分患者感染阿米巴后粪便中会有包囊排出，但无临床症状，成为携带者。如感染者免疫力低下，则可能会发病，出现腹痛、腹胀、便血、果酱样便等症状，病情严重者可出现肠穿孔、肠出血等。阿米巴滋养体还可自肠道经血液、淋巴蔓延至远处器官而引起各种肠外并发症，如肝、肺、胸膜、心包、脑、腹膜、泌尿生殖道及邻近皮肤等，形成脓肿或溃疡，其中以肝脓肿最常见。
1、无症状型：患者感染阿米巴后粪便中有包囊排出，但无临床症状。原虫可在肠腔中生长，呈携带状态，少数溶组织内阿米巴感染的无症状者在肠道存在局限、表浅的病变，呈隐匿型感染，可在某些因素影响下转变成阿米巴痢疾或肝脓肿。
2、普通型：阿米巴肠病视病变广泛的程度，病情轻重不一，症状无特异性，病变局限于盲肠、升结肠或溃疡较小时，患者仅有大便习惯改变或偶有便血，常误认为痔。典型表现为阿米巴痢疾，起病缓慢，一般无发热，呈间歇性腹泻，发作时有腹胀、轻中度腹绞痛，大便每日数次至10余次。典型的阿米巴痢疾大便量中等，粪质较多，腥臭，血性黏液样便，呈果酱样。但更多的仅有稀散或水样便，臭，有时含黏液或血，间歇期大便基本正常，体征仅有盲肠、升结肠部位轻度压痛，偶有肝大伴压痛。症状可持续数月至数年，有时可自然缓解，但易因疲劳、饮食不节等而复发，病程迁延反复者可有贫血、乏力、腹部不适、大便习惯改变等，体检可扪及结肠增厚伴压痛。
3、暴发型：阿米巴肠病(中毒型阿米巴肠病)少见，但病情较重。常因感染严重、机体抵抗力差或合并细菌感染所致，易见于体质虚弱、营养不良、孕妇或服用激素者。半数以上起病突然，高热，大便每日十几次以上，排便前有较长时间剧烈的肠绞痛，伴里急后重，粪便量多，呈黏液血性或血水样，并有呕吐、失水，迅速发生虚脱，后期可有肠出血、肠穿孔。体检见腹胀明显，有弥漫性腹部压痛，有时相当显著，甚而疑为腹膜炎，肝大常见。如不及时抢救，可于1~2周内死亡。