由于小儿厌食症的病因主要是喂养不当，不易发现，目前治疗方法较多，可根据具体病因，选择个体化治疗原则。
一、一般治疗
小儿厌食症如果是由疾病或服用药物所引起，治疗前首先要积极治疗引起厌食症的疾病，停止服用引起厌食的药物。指导家长合理喂养，及时添加副食，及时断奶，调整饮食结构，纠正不良饮食习惯，定时、定量进食，培养良好的饮食卫生习惯。
二、药物治疗
1、中医中药治疗：中医治疗本病的辨证分型多，但均以脾胃为主，兼顾肝肾，最主要的治疗方法也多以运脾开胃法为主的汤剂。
2、补充微量元素锌治疗：口服葡萄糖酸锌，可适用于由于缺锌引起的小儿厌食症。
3、促进胃动力剂：目前临床常用的有多潘立酮等，可促进患儿胃蠕动，加速胃排空，适用于由胃肠动力障碍引起的小儿厌食症。
4、补充调整肠道的微生态制剂治疗：双歧杆菌制剂，可用于肠道功能紊乱，消化不良等症状引起的小儿厌食症。
三、手术治疗
该疾病一般无手术治疗。
四、其他治疗
1、中医外治法：包括推拿、捏脊、敷贴疗法、耳穴贴压疗法、针灸疗法等。
2、心理行为治疗：防治本病，除用药外，还应注重心理行为干预，方可有效治疗小儿厌食并减少其复发。
（1）加强健康教育：对小儿喂养者进行健康知识、喂养方法、营养调配等方面的健康教育，加强沟通。节制冷饮、瓜果，注重正餐饮食。正确哺乳，合理添加辅食。控制零食，纠正偏食。积极预防消化道疾病，重视病后调理。在患热性疾病或腹痛、腹泻期间饮食宜适当减少，勿勉强进食。切忌生冷、油腻，宜清淡易消化，或流质、半流质饮食。在疾病恢复期饮食添加应渐进，不宜过快、过多。
（2）注重心理调摄：勿强迫进食，养成良好的性格是纠正厌食重要的一部分。引导小儿正确认识事物，排除干扰，进餐时不要看电视，放下手机，专心吃饭，勿边吃边玩。鼓励自主进食，营造愉悦的氛围。
（3）科学合理调配膳食：改善饮食结构，调整食物品种，注意食物的色香味形搭配，增进小儿食欲。可将不同颜色的蔬菜搭配食用，有条件者可把面食做成小儿喜爱的小动物形状，把菜切成多种几何图案形状，从视觉上吸引小儿，引起进食的兴趣。烹饪时调味品勿太重，宜清淡，少油盐。可少量放点糖，满足小儿嗜甜味的天性，但勿过多。高糖和高脂食物产热能高，不利于饥饿感的产生，应适当限制。适当增加高膳食纤维食物的摄入，如玉米、燕麦、芹菜、韭菜等，可促进胃肠蠕动。