1、体格检查：
（1）皮肤黏膜检查：观察有无黄疸、瘀点、瘀斑、蜘蛛痣，四肢有无水肿。
（2）腹部体格检查：叩诊和触诊，观察是否有肝大、脾大的情况，有无肝脏压痛、触痛，有无腹水。
2、实验室检查：
（1）肝功能检查：
（1）自身免疫性肝炎的肝功能检查可有血清转氨酶升高，早期患者胆红素水平正常或仅有碱性磷酸酶水平轻度升高。
（2）原发性胆汁性肝硬化表现为碱性磷酸酶、5-核苷酸酶、γ-谷氨酰转肽酶显著升高，血清转氨酶轻度增高，血清胆红素早期正常，晚期随疾病进展而上升。
（3）原发性硬化性胆管炎主要变现为胆汁淤积，AKP、γ-GT活性增高，且持续6个月，血清胆红素和白蛋白初始正常，随疾病进展可出现异常，晚期可出现低白蛋白血症及凝血功能障碍。
（2）免疫学检查：
（1）自身免疫性肝炎可有γ球蛋白升高，血液循环中检岀自身抗体，包括抗核抗体(ANA)、抗平滑肌抗体(SMA)、抗中性粒细胞浆抗体(pANCA)、抗可溶性肝抗原抗体(抗-SLA)、抗肝胰抗体(抗LP)、抗-肌动蛋白抗体(抗-actin)、抗肝肾微粒体抗体(抗-LKM1)、抗1型肝细胞溶质抗原抗体(抗LC1)等。
（2）原发性胆汁性肝硬化患者血清免疫球蛋白增加，特别是IgM。还可发现许多血清自身抗体，包括抗核抗体、抗血小板抗体、抗甲状腺抗体、抗着丝粒抗体、抗SS-A、狼疮抗凝物质检测、抗-烯醇化酶、淋巴细胞毒抗体)等，但AMA及抗核孔复合物成分的抗体与原发性胆汁性肝硬化最密切相关。
（3）原发性硬化性胆管炎约有30%的患者可出现高γ球蛋白血症，约50%的患者可伴有IgG或lgM水平的轻至中度增高。部分原发性硬化性胆管炎患者可见IgG4轻度增高(9%~36%)，需与IgG4相关胆管炎鉴别。约超过50%原发性硬化性胆管炎患者血清中可检测出多种自身抗体，包括抗核抗体(ANA)、抗中性粒细胞胞质抗体(pANCA)、抗平滑肌抗体(SMA)、抗内皮细胞抗体、抗磷脂抗体等。
3、影像学检查：自身免疫性肝病进展到肝硬化的患者，肝脏超声可有肝内回声分布不均匀，有所增粗，呈结节样、波纹状、锯齿状改变、门静脉内径增宽、肝缘变钝等表现。
4、肝组织学检查：对自身免疫性肝病的的诊断和治疗非常重要，特征性肝组织学表现包括界面性肝炎、淋巴浆细胞浸润、肝细胞玫瑰花环样改变、淋巴细胞穿入现象和小叶中央坏死等。对于原发性胆汁性肝硬化患者来说，肝活检有助于疾病的分期和诊断。