腹腔妊娠的临床治疗方案是个体化治疗，但不同的治疗方法都有其优点和局限性，临床治疗中需要根据患者的妊娠周数、出血程度及生育状况等因素拟定个体化的治疗方案。
一、药物治疗
方法有甲氨蝶呤肌肉注射、甲氨蝶呤局部用药、氯化钾胎心内注射或以上方法联合。病情稳定，无明显腹腔内出血征象的早期腹腔妊娠患者，有以下情况可考虑保守治疗：
1、胚胎着床部位特殊，手术困难，可能损伤重要器官或致大出血。
2、可疑异位妊娠手术后漏诊，且具备保守治疗条件。
3、手术后HCG下降不满意的补充治疗。
二、手术治疗
腹腔妊娠一旦确诊，应立即终止妊娠，具体手术方式与孕期长短、胎盘情况有关。
1、早期腹腔妊娠：早期腹腔妊娠组织小，胎盘未形成，附着部位易止血。处理与一般异位妊娠相同。手术方式国内多为开腹手术，而国外文献报道多为腹腔镜下清除病灶，可更彻底地清除残留的绒毛组织，创面出血采用双极电凝止血，尽可能地减少对周围组织的损伤。
2、中期腹腔妊娠：手术处理关键是胎盘的处理。胎盘的处理应根据种植部位、胎儿存活及死亡时间长短来决定。
1、如果胎盘种植面积小，仅见胎盘种植于子宫后壁、输卵管或阔韧带表面，子宫动脉及卵巢未被波及，且能结扎止血，则一期切除胎盘。
2、胎盘附着于腹膜或肠系膜等处，胎儿存活或死亡不久(不足4周)，则不能触动胎盘，在紧靠胎盘处结扎切断脐带取出胎儿，将胎盘留在腹腔内，约需半年逐渐自行吸收。未吸收而发生感染者，应再度剖腹酌情切除或引流。
3、若胎儿死亡已久，则可试行剥离胎盘，有困难时仍宜将胎盘留于腹腔内，一般不作胎盘部分切除，以免造成严重失血性休克。
4、对于胎盘已有剥离的腹腔妊娠，如果胎盘面积小，应迅速取出胎盘后立即压迫出血部位，出血可能会减少。
5、对于胎盘较大的腹腔妊娠，一般保留胎盘，术后应用甲氨蝶呤治疗。对于直肠子宫陷凹的出血，采用纱布填塞压迫止血效果较好。保留胎盘术后，应加强抗生素预防感染治疗，定期复查血HCG水平，并用B超监测及时发现异常。
3、晚期腹腔妊娠：根据胎儿是否存活及死亡时间长短来决定。
1、胎儿死亡者处理原则同中期妊娠。
2、孕周28~34周胎儿存活者，无腹痛及其他不适，B超检查示胎儿发育良好，无明显畸形，如患者及家属强烈要求保留胎儿，在保证母亲安全的前提下，可适当延长孕周，促胎肺成熟，将明显改善新生儿预后。但期待治疗对母体和胎儿都有一定风险。胎儿突然死亡以及由于胎盘组织的进行性浸润，腹腔大出血几率增加。关于胎盘的处理原则同中期妊娠。
3、孕周>34周胎儿存活者，可行剖腹取胎，腹腔妊娠的围生儿死亡率高达40%~90%，孕产妇死亡率也高达10%~20%。因此，术前做好抢救准备，准备充足的血源，开放中心静脉，建议取腹部纵切口，便于腹腔探查。娩出胎儿一定要轻柔，未娩出胎儿前尽量不触动胎盘，避免大出血。关于胎盘处理同妊娠中期。