小儿甲状腺功能亢进症除一般治疗外，针对甲亢治疗主要采用以下三种方式，抗甲状腺药物、放射性碘-131治疗及甲状腺次全切除术，其中首选药物治疗。
一、一般治疗
小儿甲状腺功能亢进症的一般治疗包括休息，补充足够热量和营养，如糖、蛋白质和B族维生素，增强患儿免疫力，减少感染机会，改善体质。
二、药物治疗
1、抗甲状腺药物治疗：首选甲巯咪唑治疗，其药效满意度较高，反应良好，联合治疗有利于同时发挥左甲状腺素对患儿甲状腺功能调节优化作用，即可有效抑制甲状腺肿大等不良症状，还可有利于最小化不良反应发生率，提高临床给药的安全性。
2、丙硫氧嘧啶：除抑制甲状腺激素的合成外，同时还减少在外周组织的T3转化成T4，毒性与甲巯咪唑类相同。丙硫氧嘧啶被吸收后大多在血液循环中与蛋白质结合极少通过胎盘，不致损伤胎儿。
3、其他药物：治疗过程中若出现甲状腺功能减退、甲状腺肿大或者突眼更明显者，应加服甲状腺粉，并酌情减少甲巯咪唑(他巴唑)用量。如心血管症状明显者，可加用肾上腺素能受体阻断药普萘洛尔(心得安)作为辅助药物，减轻交感神经过度兴奋所致的心率快、多汗、震颤等症状。
三、手术治疗
当抗甲状腺素药物治疗失败或引发严重不良反应时，可将手术作为优选治疗途径。尤其是对5岁以下患儿，为尽量减少甲亢持续或复发的风险，首选甲状腺次全切除术，术后并发症中包括一过性的低钙血症、喉返神经损伤等，但发生率均较低。
四、其他治疗
1、放射性碘-131治疗：此方法属于儿童及青少年Graves病的另一种有效治疗方法，其治疗过程简单，且安全、有效、经济。但唯一并发症是甲状腺功能减退，发生率约90%，需终生服用甲状腺激素替代治疗。
2、甲亢危象的治疗：重症伴有休克治疗应大量给予碘剂口服加静注，卢戈液口服，碘化钠加入葡萄糖生理盐水内静点，还要退热镇静、控制感染，静脉中加注氢化可的松，必要时洋地黄控制心力衰竭等。