小儿甲状腺功能亢进症主要是由甲状腺各种疾病所致的分泌功能亢进，还与免疫功能异常、遗传、感染以及精神因素等有关。
一、主要病因
1、甲状腺疾病：Graves病最常见，约占90%，还有慢性淋巴性甲状腺炎、亚急性甲状腺炎、甲状腺腺瘤、McCune-Albright综合征、甲状腺癌等其他甲状腺疾病。
2、遗传因素：甲亢具有遗传倾向，属于多基因遗传，少数患儿属于遗传导致。
3、药物因素：有些甲状腺功能减退患儿的家长误认为多服药可以加速病情好转，因此服用过多甲状腺片，以致使患儿出现消瘦、心悸、出汗等甲亢表现。
4、精神因素：包括应激性神经精神压力增加(精神创伤、巨大情绪波动、压力过大等)可触发神经内分泌对免疫系统的作用，产生促甲状腺素受体抗体(TRAb)。TRAb主要合成部位为甲状腺、骨髓和淋巴结，妊娠妇女的TRAb可通过胎盘引起新生儿甲亢。
5、碘摄入过多：一般发生在预防碘缺乏而普遍增加碘摄入量或服用含碘药物治疗之后，在防治碘缺乏性疾病同时，增加甲亢的发病率，碘摄入过多导致的甲亢一般发生在服碘后6个月。
二、诱发因素
出现精神创伤、巨大情绪波动和突然增加碘摄入、感染等可触发神经内分泌对免疫系统的作用，产生促甲状腺素受体抗体(TRAb)，进而诱发小儿甲状腺功能亢进症。